Os dafnídeos pertencem ao zooplâncton de água doce e são organismos-modelo importantes em diversas áreas como limnologia, ecotoxicologia, genética ecológica e, recentemente, em genómica. Contudo, as suas relações filogenéticas e a sua taxonomia são ainda bastante controversas, sendo a identificação destes organismos dificultada pela elevada plasticidade fenotípica que apresentam e a existência de fluxo de genes entre espécies, via hibridação e retrocruzamentos. Adicionalmente, os dafnídeos alternam entre reprodução sexuada e assexuada, pelo que coexistem várias linhagens clonais dentro da mesma população. Assim, tem crescido a necessidade da utilização de ferramentas moleculares que permitam explorar a arquitectura genética das populações naturais destes invertebrados. Neste trabalho, a técnica de MSP-PCR (microsatellite-primed polymerase chain reaction), utilizada com sucesso na diferenciação de outros organismos, foi aplicada a três populações de Simocephalus vetulus com o objectivo de analisar a sua variação genética. O objectivo último consistia na obtenção de perfis moleculares (“impressões digitais”) que permitissem distinguir indivíduos geneticamente distintos. Os resultados obtidos demonstraram a utilidade desta técnica na diferenciação de populações e de linhagens clonais cultivadas em laboratório, revelando contudo uma grande variabilidade associada à técnica e a necessidade de optimização da mesma.
